Striderna pågick fortfarande på måndagsförmiddagen, svensk tid, över tolv timmar efter att anfallet inleddes.
Ett 15-tal beväpnade extremister attackerade då den pakistanska marinens flygbas. Flera människor dödades och ett flygplan sprängdes.
Pakistans talibaner sade att det var de som låg bakom räden.
- Det var hämnden för Usama bin Ladins martyrskap. Det är beviset på att vi fortfarande är enade och starka, sade talesmannen Ehsanullah Ehsan i telefon till Reuters.
Talibanerna har sagt att de ska hämnas den amerikanska dödsräden mot Usama bin Ladin och ha har utfört flera attacker sedan den 2 maj.
Pakistan har kärnvapen, och basen som är under attack är en av de platser som pekats ut som tänkbara för där kärnvapen kan förvaras, skriver Reuters.