Regionpresidenten Ahmed Mohamed Madobe fick 56 av 74 röster i Jubalands parlament, enligt dess talman.
Den tidigare krigsherren Madobe ledde offensiven som fördrev terrorgruppen al-Shabaab från regionens största stad Kismayo för sex år sedan. Madobe har starkt stöd från Kenya, som i honom ser en allierad i terrorkriget och i Jubaland en buffertzon för att våldet inte ska spilla över till Kenya.
Inför valet varnade myndigheterna i den halvautonoma regionen för att den somaliska centralregeringen i Mogadishu skulle försöka se till att en mer regeringslojal kandidat blev vald.
Oppositionen höll också en parallell omröstning där dess kandidat Abdirashid Hidig lyftes fram som segrare. I en form av segertal underströk Hidig, som sedan tidigare sitter i det somaliska parlamentet, att Jubaland är i högsta grad beroende av stöd från Mogadishu.
I leken finns också Etiopien, som har soldater placerade i Jubaland, men som under premiärminister Abiy Ahmed knutit närmare band till den somaliska regeringen den senaste tiden.
FN:s särskilda Somaliasändebud James Swan uppmanar alla parter att avstå våld och lösa sina meningsskiljaktigheter genom dialog.
Om splittringarna kvarstår varnar analytiker för att al-Shabaab, som fortfarande kontrollerar byar och områden i Jubaland, kan komma att dra fördelar av ett maktvakuum.
Jubaland är en av Somalias sju i hög grad autonoma regioner och den som ligger allra längst söderut.