Beslutet om att utreda en fristående organisation som i stället för partiet ska ställa upp i kyrkovalet gick emot partistyrelsens uppfattning att det är partiet som ställer upp i kyrkovalet.
Innan beslutssiffrorna redovisades, hördes från stämmopresidiet att "det här är ju en revolution för centerrörelsen".
Beslutet innebär att om en fristående organisation med koppling till partiet skapas, så ställer Centerpartiet som parti inte längre upp i kyrkovalet.
– Ja, det är ju det beslutet innebär, att vi ska titta på andra lösningar, än att vi ställer upp som politiskt parti i kyrkan. Det är ju den beställningen partistyrelsen har fått av stämman, säger partiets gruppledare i riksdagen Anders W Jonsson.
Enligt motionärerna bör Centerpartiet ta konsekvenser av att Svenska Kyrkan sedan millennieskiftet varit skild från staten. I stället bör partiet utreda skapandet av en fristående organisation som driver partiets värderingar i kyrkan.
Partistyrelsen yrkade avslag på förslaget med hänvisning till att det blir tydligt för väljarna att det är Centerpartiets värdegrund kandidaterna utgår ifrån om det är partiet som stället upp i kyrkovalet.
Men med knapp majoritet beslutade stämman att gå på motionärernas förslag att utreda skapandet av en fristående organisation.