Utöver dödsoffren skottskadades sex palestinier i sammandrabbningarna i Gaza. En av dem har livshotande skador enligt hälsomyndigheterna i Gaza. Nyhetsbyrån AFP:s korrespondenter har bekräftat att skarp ammunition användes vid oroligheterna.
Protesterna bröt ut i kölvattnet av USA:s erkännande av Jerusalem som Israels huvudstad. Det är tredje fredagen i rad som islamistiska Hamas, som styr på Gazaremsan, utlyst en "dag av raseri" efter president Donald Trumps kontroversiella beslut.
Även på den ockuperade Västbanken bröt oroligheter ut, i bland annat Ramallah och Hebron. Enligt palestinska Röda halvmånen skadades tiotals personer i sammandrabbningar med polis, minst fem av dem skottskadades.
Den israeliska militären skriver i ett uttalande att omkring 1700 "upploppsmän kastat brandbomber och stenar och rullat ut brinnande däck" i samband med protesterna på Västbanken. Militären uppskattar att omkring 2000 palestinier deltog i oroligheterna i Gaza.