Processen är den första i världen som rör tortyr i Assadregimens regi, och sker med stöd i principen om universell jurisdiktion, som möjliggör åtal för brott som begåtts även i andra länder.
Den 58-årige ex-översten anklagas för att ha haft uppsikt över morden på 58 människor och 4 000 fall av tortyr i det ökända al-Khatibfängelset i Damaskus under 2011 och 2012. Han deserterade 2012 och sökte sedan skydd i Tyskland.
Mannen, som alltså nu kan få tillbringa resten av livet i fängelse, ska ha arbetat för den syriska säkerhetstjänsten i 18 år. De tyska åklagarna gjorde gällande att han övervakat våldtäkter, sexuella övergrepp, elchocker och andra former av brutal misshandel.
Enligt rättens ordförande Anne Kerber har den syriska regimen tillgripit våld samt militära medel som svar på protesterna som bröt ut i mars månad år 2011.
De offer som hölls i regimens förvar blev inte bara "torterade utan blev även utsatta för svält och syrebrist" i trånga överbefolkade celler där de vare sig kunde ligga eller stå, säger hon enligt nyhetsbyrån AFP.
Vissa vittnen i målet har dolt sina ansikten av rädsla för att deras släktingar som är kvar i Syrien ska råka illa ut.
– Jag hoppas att vi lyckats ge röst åt alla dem som inte kan göra sin röst hörd, säger den tidigare fången Wassim Mukdad, som vittnat under rättegången.
Human Rights Watch (HRW) hyllar domen.
– Det är verkligen historiskt, säger människorättsorganisationens chef Kenneth Roth vid en pressträff i Genève.