Det ouppklarade dådet har sänt chockvågor över Mexiko och har fördömts internationellt. Tragedin är fortfarande ett öppet sår i landet.
Arresteringsorderna meddelades av Mexikos president Andrés Manuel López Obrador, som samtidigt gav en rapport om hur den utdragna utredningen fortlöper.
– Noll straffrihet, de som bevisas vara skyldiga kommer att dömas, sade presidenten.
Han berättade inte några detaljer kring vad militärerna misstänks ha gjort, eller de formella anklagelserna emot dem.
De försvunna studenterna reste i fem bussar för att delta i en protest, när de stoppades av korrupt polis i staden Iguala, i Guerrero i södra Mexiko. De lämnades över till en drogkartell och åklagare har tidigare hävdat att kartellen misstog studenterna för att vara medlemmar ur ett rivaliserande gäng – och därför dödade studenterna, brände deras kroppar vid en soptipp och sedan slängde kvarlevorna i en flod.
En statlig officiell rapport från januari 2015 har förkastats av de anhöriga och av internationella experter som felaktig och de anhöriga har fortsatt att kämpa för att få korrekta svar. Offrens familjer har länge klagat på att militären inte gjorde något för att skydda studenterna.