Enligt hälsodepartementet har 68 människor i delstaten São Paulo mist livet i utbrottet, men Bolsonaro misstänker att siffrorna är uppblåsta.
– Det är en väldigt hög siffra för São Paulo. Vi kan inte ha siffertrixande för att tjäna vissa politiska intressen. Jag tror inte på siffrorna från São Paulo, säger presidenten i en intervju med tv-kanalen Band.
São Paulo är hårdast drabbat i hela Latinamerika av virusutbrottet. Samtidigt har en konflikt brutit ut mellan Bolsonaro och delstatens konservative guvernör João Doria.
Medan Doria efterlyser nationell kraftsamling har Bolsonaro jämfört coronaviruset med "en liten influensa" och kritiserar karantänsåtgärderna som införts i São Paulo.
På fredagen, samtidigt som Brasilien beslutade om inresestopp för alla utländska medborgare, lanserade Bolsonaro en tv-sänd reklamkampanj som uppmanar människor att fortsätta gå till jobbet som vanligt. São Paulo-guvernören Doria har brännmärkt kampanjen som "desinformation".
Brasilien hade på fredagen 3 417 bekräftade coronafall och 92 döda.
Ivar Andersen/TT