Fångarna kvävdes till döds, enligt myndigheter, och inga knivar eller andra vapen användes. Morden var ett resultat av en knarkkonflikt inom ett kriminellt gäng som var inblandat i att smuggla knark, enligt fängelset.
De döda är de senaste offren för strider mellan och inom rivaliserande gäng i fängelserna, som ofta är kontrollerade av kriminella fraktioner.
Under söndagen dödades 15 fångar i ett bråk på en av de mer ökända anstalterna i delstaten, Anísio Jobim-fängelset utanför Manaus. De nya 40 morden inkluderas nu i samma utredning.
Delstaten har sökt hjälp hos landets regering för att stärka säkerheten i fängelserna.
- Jag har precis pratat med (justitieminister) Sérgio Moro, som kommer att skicka personal till Amazonas för att hjälpa oss i denna krissituation, säger guvernören Wilson Lima på en presskonferens.