Mannen är del av ett uppmärksammat fall där hans fru sedan tidigare åtalats. Åtalet beskrivs som det första hittills där en IS-medlem ställs inför rätta för folkmord mot yazidierna, en religiös minoritet som förföljts av jihadisterna i konflikterna i Mellanöstern.
Enligt åklagarna köpte mannen en femårig flicka och hennes mamma som slavar 2015, varpå de hölls fångna i deras hem i den då IS-kontrollerade staden Mosul i Irak.
Mamman och dottern uppges ha tvingats att konvertera till islam, knappt ha fått mat eller vatten och blivit utsatta för våld. Flickan ska till sist ha kedjats fast utomhus i upp emot 50 graders värme, tills hon dog.
"De misstänkta såg det som möjligt att flickan skulle dö och tog hänsynslöst med detta i beräkningarna", lyder ett uttalande från de tyska åklagarna.
Deras handlingar syftade till att "förgöra yazidierna, deras religion och deras kultur i linje med IS mål", fortsätter åklagarna..
Mannen greps i Grekland i maj förra året och åtalas också för krigsbrott, brott mot mänskligheten och människohandel. Hans fru ställdes inför rätta förra året sedan hon berättat om den femåriga flickans död för en polisinformatör.
Flickans mamma lever ännu och är målsägande.