President Donald Trump uppges ha gett sin stabschef Mick Mulvaney ordern att avskeda Alles, enligt tv-kanalen CNN.
Alles själv dementerar dock att han skulle ha fått sparken.
"Ni har utan tvekan sett medierapporteringen om mitt 'avskedande'. Jag försäkrar er att så inte är fallet, faktum är att jag för flera veckor sedan fick höra av administrationen att förändringar i ledarskap var att vänta inom hela departementet för inrikes säkerhet", skriver den avgående chefen i ett meddelande till sina medarbetare, rapporterar nyhetsbyrån Reuters.
En talesperson för Vita huset säger att Trump valt den rutinerade Secret service-agenten James Murray som Alles ersättare. Murray kommer att tillträda chefsposten i maj.
Secret service-chefen rapporterar direkt till säkerhetsministern. Under gårdagen avgick den tidigare säkerhetsministern Kirstjen Nielsen, som enligt många amerikanska medier varit föremål för intern kritik i Vita huset under en längre tid.
Hon ersattes av Kevin McAleenan, tidigare chef för gränsmyndigheten Customs and border protection (CBP).
En källa inom Trumpadministrationen beskriver de gångna dagarnas avskedanden inom departementet för inrikes säkerhet som en "nästan systematisk utrensning".
