Beskedet kom i ett uttalande från presidentens kansli på på torsdagen och innebär en eskalering av ett bittert gräl mellan de båda maktenheterna.
"Premiärministern har kränkt övergångsförfattningen och därför fråntas han sin exekutiva befogenheter, i synnerhet de som rör tillsättande och avsättande av tjänstemän, till dess att valet är genomfört senare i år", heter det i uttalandet.
Mohamed Hussein Roble tillträdde som Somalias premiärminister i september i fjol – efter att han utsetts av president Mohamed Abdullahi Mohamed, allmänt kallad Farmajo.
Maktkampen mellan de båda männen blev offentlig i förra veckan när premiärminister Roble avskedade Somalias underrättelsechef. Anledningen var dennes hantering av ett uppmärksammat, och ännu ouppklarat, försvinnande av en ung agent.
Våldsamheter i Mogadishu
Presidenten svarade då med att utse den dumpade underrättelsetjänstemannen till sin nationella säkerhetsrådgivare.
Meningen var att Farmajos fyraåriga mandat skulle ha gått ut i februari, men i april förlängde parlamentet det med ytterligare två år. Det beslutet ledde i sin tur till våldsamheter mellan rivaliserande grupper –antilojala och lojala med presidenten – i huvudstaden Mogadishu.
Sent på torsdagskvällen svarade Roble i ett uttalande där han avfärdar presidentens beslut som "olagligt" och där han anklagar Farmajo för sabotera regeringens möjligheter att fungera.
Studerat på KTH
Bråket har lett att den sköra valprocessen i landet hotas. Somalia har inte haft något fritt och demokratiskt val sedan inbördeskriget utbröt 1991.
Korruptionen är djupt rotad i det östafrikanska landet och hotet starkt från extremistgruppen al-Shabaab, som regelbundet genomför dödliga attacker, även i Mogadishu.
Roble är också svensk medborgare. Han kom till Sverige 1992, i början av inbördeskriget i Somalia. Knappt fem år senare blev han svensk medborgare. År 2000 tog han en masterexamen i miljöteknik och hållbar infrastruktur på KTH i Stockholm. Sitt examensarbete skrev han inom grundvattenkemi, om vattenledningsverk i Kalmar.