Polisen hade kallats till en förort till Manila efter en skottlossning. De öppnade eld mot vad de trodde var de misstänkta som flydde i bil. Men i bilen, som var på väg till sjukhuset, satt bland annat en kvinna, som skadades i skottlossningen.
Den sårade kvinnan och ytterligare en person i bilen dog senare, medan två andra skadades.
"Det finns ingen ursäkt för denna olyckliga händelse", säger Manilas polischef Oscar Albayalde i ett uttalande.
Poliserna som avfyrade skotten har tagits ur tjänst tills vidare.
President Rodrigo Duterte för ett brutalt krig mot narkotikarelaterad brottslighet, och har uppmanat polisen att döda misstänkta och lovar att skydda dem från juridiskt ansvar vid sådana incidenter.
Offentliga siffror visar att nästan 4000 personer med verklig eller påstådd koppling till drogkriminalitet har dödats av regeringsstyrkorna sedan 2016, som en del av Dutertes antidrogkampanj.
Människorättsgrupper hävdar att tusentals fler har dödats.