"Jag har med smärta och bestörtning fått höra om dödsfallen", skriver han på Twitter.
Branden inträffade på sjukhuset Mame Abdou Aziz Sy Dabakhs neonatalavdelning. Enligt politikern Diop Sy orsakades branden av en kortslutning och brandförloppet ska ha varit snabbt.
Stadens borgmästaren Demba Diop säger att endast tre spädbarn kunde räddas. Händelsen upprör hela det västafrikanska landet, och hälsominister Abdoulaye Diouf Sarr avbryter en resa till världshälsoorganisationen WHO i Genève.
– Den här situationen är väldigt olycklig och extremt smärtsam. En utredning är inledd för att se vad som hände, säger han i en radiointervju.
Känslorna blir extra starka eftersom Senegal haft flera liknande händelser den senaste tiden.
Så sent som i april omkom fyra nyfödda barn i en brand på ett sjukhus i Linguere i norr. Den gången pekades ett elfel i luftkonditioneringen ut som orsaken.
Och samma månad miste en gravid kvinna livet efter att ha sökt akut vård. Hon ville ha kejsarsnitt, vilket vårdpersonalen sade nej till. Mindre än ett dygn senare var hon död.