AIK förlorade matchen med 0–1 och efter bara en seger på tio omgångar ligger Solnalaget näst sist i den herrallsvenska tabellen.
Nu väljer Manuel Lindberg att hoppa av som vd och klubbdirektör.
"Jag tar mitt ansvar som en del av situationen och har därför valt att kliva åt sidan. Att ha kvar mig som vd/klubbdirektör gynnar inte klubben just nu", säger Lindberg i ett pressmeddelande.
Derbyt mot Djurgården slutade med skandalscener där matchen fick avbrytas under en timme efter att AIK-supportrar kastat så kallade bangers och bengaler och försökt ta sig in på planen.
På läktarna syntes vissa av bortafansen hålla upp banderoller som krävde att både Manuel Lindberg och tränaren Andreas Brännström avgår. På måndagen fick de sin vilja igenom gällande Lindberg, som hoppade på jobbet i februari förra året.
"Manuel har med sitt driv och engagemang visat på en stor vilja att skapa bättre förutsättningar för AIK fotboll. I dag befinner sig klubben i en högst prekär situation och jag har stor respekt för Manuels beslut att avsluta sin anställning hos oss. Jag önskar honom lycka till med kommande uppdrag", säger AIK fotbolls styrelseordförande Robert Falck.
Fredrik Söderberg tar tills vidare över som tillförordnad vd och klubbdirektör.